Één van de redenen waarom Jan Ingehousz zo graag naar Engeland wilde reizen was omdat hij meer wilde leren over pokken (Variola Major) en de pogingen die daar gedaan werden om deze bijzonder besmettelijke ziekte de baas te worden. Onder de bevolking bestond grote angst voor de pokken. De ziekte heeft een incubatietijd van tien tot twaalf dagen en in een tijd waarin er steeds meer gereisd werd konden de pokken zich steeds makkelijker ongemerkt verspreiden. Als je besmet raakte kreeg je in eerste instantie symptomen die op een stevige griep leken, zoals hoge koorts, misselijk en spierpijn. Na twee weken verschenen er overal op het lichaam blaasjes. Werd je weer beter dan lieten deze blaasjes vaak lelijke littekens achter, maar in veel gevallen overleefden mensen de ziekte niet. In de tijd van Jan Ingenhousz stierven er in Londen gemiddeld 10.000 mensen per jaar aan de pokken. Het maakte niet uit of je arm of rijk was, iedereen kon getroffen worden.
De motivatie was dan ook groot om een oplossing te vinden. Engelse artsen en diplomaten op bezoek in Turkije hadden daar gezien dat iedere herfst er vloeistof uit de pokken van patienten met een milde variant gehaald werd en vervolgens werd dit bij gezonde mensen in de huid geprikt met een naald. Na zo'n inenting werden de mensen na een paar dagen wel een beetje ziek, maar niet ernstig en later in hun leven kregen ze de ziekte niet meer.
De Engelse koningin kreeg lucht van deze praktijk en gaf opdracht om in Engeland te gaan experimenteren met inenten op gevangenen die in ruil voor hun medewerking gratie kregen. Ook werd er geëxpermineteerd op groepen kinderen die ten vondeling waren gelegd. Deze kinderen werden verzorgd door de staat met het idee dat ze wanneer ze groot waren aan het werk konden in het leger of als dienstmeid. Ingenhousz kwam in contact met de arts die verantwoordelijk was voor het inenten van deze kinderen. Hij had hulp nodig en Ingenhousz een plek om ervaring op te doen. Zo hielpen ze elkaar uit de brand. Ingenhousz begon in 1766 met het inenten van in totaal 219 kinderen. Na het enten werden ze in quarantaine geplaatst totdat de juiste symptomen opkwamen en weer voorbij gingen. Tijdens deze quarantaine werden ze goed in de gaten gehouden door Ingenhousz.
Door op grotere schaal te experimenteren met inenten kwam er veel kennis over vaccinatie;
- Het beste materiaal om mee te enten kwam van patienten die een mild verloop hadden van de pokken.
- Een oppervlakkig krasje in de huid maken was voldoende.
- Zodra de koorts en uitslag op kwam zetten was iemand het meest besmettelijk.
- Zodra alle blaasjes weer ingedroogd was de patiënt niet meer besmettelijk.
