Jan Ingenhousz wilde eigenlijk zijn ervaring opgedaan in Londen met het enten van kinderen tegen de pokken gebruiken om de ziekte ook in Nederland te bestrijden, maar de bevriende artsen uit zijn kennissenkring overtuigden hem dat hij meer ervaring nodig had. De praktijk was nog erg nieuw en als het fout zou gaan betekende dat een schade voor het hele proces van vaccineren. Dr. Pringle stelde Ingenhousz voor om nog verder in de leer te gaan bij een arts die op het platteland van Engeland bezig was met het op grote schaal inenten van hele dorpen. Samen met dr. Thomas Dimsdale vaccineerde hij honderden mensen en deed tegelijk enorm veel ervaring op.
Ondertussen waren ze aan het Weense hof dringend op zoek naar een arts die hun kon helpen met het opzetten van het vaccineren tegen pokken. De keizerin van Oostenrijk, Maria Theresa, was in zes jaar tijd 8 familieleden kwijt geraakt aan de pokken en uiteindelijk raakte zij zelf ook besmet. Zij overleefde de ziekte, maar niet zonder zware littekens. Dat zij het overleefd had zag ze als teken van God en ze was vastberaden om een oplossing te vinden voor de steeds terugkerende pokkenepidemieën. Ze liet haar hofartsen contact opnemen met het hof en de artsen in Londen en zo kwamen ze ook bij dr. Pringle uit. Er moest een kandidaat gezocht worden die bereid was naar Wenen te komen en daar als eerste de keizerlijke familie in te enten. Het lag voor de hand dat één van de Engelse hofartsen zou moeten gaan, maar deze mannen waren op leeftijd en vonden de taak te zwaar. Dr. Pringle stelde Jan Ingenhousz voor. Hij was jong, sprak vloeiend Frans en Latijn én had ondertussen uitgebreide ervaring met de pokkenvaccinatie. Ingenhousz werd terug geroepen uit Hertforshire naar Londen, waar hij een gesprek had met een ambassadeur uit Wenen. Niet veel later was hij al onderweg via Nederland naar het Weense hof.
Eenmaal aangekomen in Wenen in 1768 was er voor Ingenhousz veel te leren. Hem werd allereerst de strikte etiquette van het Weense hof geleerd. Hoe hij op de correcte manier verschillende mensen moest begroeten, hoe je ergens aan kwam en weer weg ging, hoe je reageerde als je de keizerlijke hand toegereikt kreeg en dat je Frans moest spreken in formele situaties. Pas toen hij volledig op de hoogte was werd hij voorgesteld aan Keizerin Maria Theresa. Hem werd gevraagd om te bewijzen dat zijn ervaring op het gebied van vaccinatie echt groot was door eerst een aantal vrijwillig aangemelde kinderen in te enten. De keizerin had zich hoogstpersoonlijk ingezet om deze vrijwilligers te vinden. Ze had brieven uit haar naam laten versturen naar de ouders van kinderen die in aanmerking kwamen. Er werd beloofd dat de kinderen geheel op kosten van het hof verzorgd zouden worden en er was een beloning van één ducaat. Er werd in de buurt van paleis Schonbrünn een huis gehuurd waar Ingenhousz in isolatie de kinderen kon enten en in de gaten kon houden. De eerste vaccinaties werden gedaan in het bijzijn van de keizerin en ook in de periode daarna bezocht zij het vaccinatie huis regelmatig. De resultaten waren verbluffend en zeer succesvol. De keizerin liet Ingenhousz met een gerust hart haar twee kinderen vaccineren en organiseerde daarna een groot feest ter ere van Ingenhousz en alle kinderen die als proefkonijn hadden gediend. Het gevolg was dat de adel in de rij stond om zich ook te laten vaccineren. Ingenhousz betrok op kosten van het hof een woning, werd overladen met kostbaarheden en geld door de keizerin en benoemd tot lijfarts. Hij kon echter niet goed aarden aan het hof met de strikte protocollen. In de jaren na de eerste entingen van de kinderen van Maria Theresa reisde hij rond in opdracht van de keizerin, onder andere om meer familie van haar te vaccineren in Italië en om haar dochter Marie Antoinette te onderzoeken die enkele jaren eerder met de kroonprins van Frankrijk getrouwd was maar nog geen erfgenaam had weten te verwekken.
Al rondreizend bleef hij contacten onderhouden met zijn vrienden en kennissen over de laatste ontwikkelingen op wetenschappelijk gebied en werd hij met de regelmaat geinspireerd om zelf te werken aan theorieën en experimenten.
